Giống như các fluoroquinolones khác, difloxacin gây ra chứng arthropathy ở động vật đang phát triển chưa trưởng thành, đặc biệt là chó. Tác dụng phụ thường gặp nhất là các triệu chứng tiêu hóa như nôn mửa, tiêu chảy và chán ăn, ngay cả khi dùng quá liều. Chỉ có biện pháp hỗ trợ, chứ không phải điều trị bổ sung, được khuyến cáo để quản lý quá liều hoặc độc tính vì phản ứng tự hạn chế. 

Chống chỉ định bao gồm những con chó nhỏ và vừa gồm những con chó nhỏ hơn 8 tháng tuổi; giống lớn dưới 12 tháng tuổi; giống khổng lồ dưới 18 tháng tuổi; những con có rối loạn thần kinh trung ương; và quá mẫn với difloxacin hoặc fluoroquinolone khác.